【亮点一】科研项目资金“打酱油的钱可以买醋”
科研项目资金管理“过细过死”是困扰科研人员的一大难题。意见的一大亮点是简化预算编制科目，下放调剂权限，对一些科目合并“同类项”。意见指出，将直接费用中会议费、差旅费、国际合作与交流费合并为一个科目。四部门有关负责人指出，下放科研项目预算调剂权，在项目总预算不变的情况下，直接费用中的多数科目预算都可以由项目承担单位(高校、科研院所等)自主调剂，“打酱油的钱可以买醋”。
【亮点二】加大对科研人员激励力度
科研项目资金分为直接费用和间接费用，直接费用一般包括设备费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、劳务费等10类左右的支出科目；间接费用主要用于项目承担单位的成本耗费和对科研人员的绩效激励。
我国科研项目间接费用与美国等国家相比比例偏低，为进一步完善间接成本补偿机制，意见提高了间接费用比重，核定比例可以提高到不超过直接费用扣除设备购置费的一定比例：500万元以下的部分为20%，500万元至1000万元的部分为15%，1000万元以上的部分为13%。
四部门透露，为加大对科研人员的激励力度，意见取消了绩效支出比例限制。
【亮点三】打破“玻璃门”劳务费不设比例限制
一些科研人员反映，相对我国而言，美国等国家科研项目中“人员费”比例较高。苏州系统医学研究所的吴爱平研究员说，目前我国科研经费使用中，劳务费比例过低，对于人员费的使用存在很多限制。北京语言大学副教授陈默说，在实施科研项目时最发愁的是人力费难报销问题。项目找很多学生做实验需要支付劳务费，但都不好报销。
意见明确劳务费开支范围和标准，重申劳务费不设比例限制。参与项目研究的研究生、博士后、访问学者以及项目聘用的研究人员、科研辅助人员等，都可以开支劳务费。
【亮点四】年度剩余资金可结转下年使用
项目资金下半年才拿到，年底就必须花完，否则就要被收回——不少科研人员吐槽的科研项目结余经费收回制度此次有了重大改革。
意见指出，科研项目实施期间，年度剩余资金可以结转下一年度继续使用，当年的钱花不完不用收回。项目完成任务目标并通过验收后，结余资金按规定留归项目承担单位使用，在2年内可以统筹安排用于科研活动的直接支出；2年后未使用完的，按规定收回。
【亮点五】下放差旅费会议费管理权限
高校、科研院所的科研项目经费中，一块重要支出就是差旅费和会议费。此次意见一大亮点就是明确下放差旅费会议费管理权限，给高校和科研院所更大自主权。
四部门介绍，在差旅费方面，合理确定教学科研人员乘坐交通工具等级和住宿费标准；对于难以取得住宿费发票的，中央高校、科研院所在确保真实性的前提下，据实报销城市间交通费，并按规定标准发放伙食补助费和市内交通费，解决无法取得发票但需要报销城市间交通费和住宿费等问题。
在会议费方面，业务性会议的次数、天数、人数以及会议费开支范围、标准等，由单位自主确定。
【亮点六】设“科研财务助理”解放科研人员
科研经费报销手续繁杂、程序较多、时间过长，很多大学教授、科学家等科研人员在获得项目经费的同时，也因报销环节的诸多问题被逼成了“会计”，不能专心从事科研活动。
意见要求，项目承担单位要建立健全科研财务助理制度，为科研人员在项目预算编制和调剂、经费支出、财务决算和验收等方面提供专业化服务。这一要求意在“让专业的人做专业的事”，把科研人员从繁琐的事务中解放出来。
